二代测序
环境样品的宏基因组鉴定 微生物基因组测序 病原体检测 人类目标序列重测序 扩增子直接克隆测序（PCR产物） 传染病源快速鉴定 转录组研究 肿瘤基因组和突变
细菌基因组测序
新一代高通量测序技术大大减少了基因组测序的成本和时间，让更多实验室可以开展微生物基因组测序项目。根据不同的研究目的和测序要求，细菌基因组测序可分为四种类型：细菌基因组Scanning、细菌基因组
动植物基因组从头测序
基因组从头测序也叫de novo测序，是指不需要任何参考资料即可对某个物种进行测序，用生物信息学的方法进行拼接组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。
基因表达谱分析
基因表达谱分析直接对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序，研究基因的表达差异情况。与转录组测序相比，基因表达谱测序要求的读长更短，测序通量更小，仅可用于基因表达差异的研究。